納稅人有序有效的自查可按如下五個步驟進行：

第一步，制度、法規相對照，即企業內部應納的各稅財會處理規定與相關稅收條例規定之間的對照自查。自查目的是了解企業制定的內部財會規定與各稅法律法規之間是否存在差異，其差異是否會造成各稅種的違章。

第二步，制度執行情況自查，即與各稅計算相關的企業內部有關制度的執行情況的自查。自查目的是明確企業內部與各稅種計算相關的制度、流程執行得怎樣?是否存在影響各稅計算準確性的因素?

第三步，納稅申報的自查。即通過賬證與納稅申報表的對照自查。自查目的是從中發現是否存在足額申報稅款的問題。

第四步，賬簿對應關系的自查。自查目的是通過賬簿數據的勾對關系自查是否存在各稅計算錯誤。

第五步，數據、指標分析，即對企業的一些財務數據按各稅法規具體要求進行對比。自查目的是從財務數據、指標角度看企業是否可能存在各稅違章問題。